כלי חדש מאחד נתונים של תא בודד

פרסומת
תכנון תשתיות רפואיות


הושקה מתודולוגיה חדשה המאפשרת סיווג וארגון של נתונים חד-תאיים. זה יכול לשמש ליצירת מערך נתונים הרמוני לחקר בריאות האדם ומחלות.

פרסומת

חוקרים ממכון Wellcome Sanger, אוניברסיטת קיימברידג', המכון האירופי לביואינפורמטיקה של EMBL (EMBL-EBI), ומשתפי פעולה פיתחו את הכלי, המכונה CellHint. CellHint משתמשת למידת מכונה כדי לאחד נתונים המופקים ברחבי העולם, ומאפשרת לגשת אליהם על ידי קהילת המחקר הרחבה יותר, מה שעלול להוביל לגילויים חדשים.

במחקר חדש, שפורסם היום (21 בדצמבר) ב תָא, החוקרים יישמו את CellHint כדי לחשוף קשרים שנחקרו לא מעט בין מצבי תאי ריאה בריאים וחולים. הם בחנו שמונה מחלות, כמו מחלת ריאות אינטרסטיציאלית ומחלת ריאות חסימתית כרונית, והראו את היתרונות האפשריים של כלי זה. הם גם יישמו CellHint על 12 רקמות מ-38 מערכי נתונים, וסיפקו מסד נתונים צולב רקמות עם כ-3.7 מיליון תאים.

Cellhint זמין באופן חופשי ברחבי העולם ונוצר כחלק מיוזמת Human Cell Atlas1 שמטרתה למפות כל סוג תאים בגוף האדם כדי לשנות את ההבנה של בריאות ומחלות.

גנומיקה חד-תאית מאפשרת הבנה של כל תא בהקשר של גוף האדם ברזולוציה גבוהה. נכון לעכשיו, אתגר בהרכבת מערכי הנתונים המגוונים המיוצרים על ידי מחקר של תא בודד הוא שאין מערכת מאוחדת למתן שמות וארגון נתונים.

כדי להתמודד עם זה, חוקרים ממכון Wellcome Sanger ומשתפי פעולה פיתחו את CellHint, שיכול לאחד סוגי תאים המיוצרים על ידי מעבדות עצמאיות. לאחר מכן, CellHint ממקם את הנתונים בגרף מוגדר המציג את הקשרים בין תתי-סוגי תאים, ונותן תמונה מלאה של כל התאים שזוהו על פני מערכי נתונים שונים.

הצוות יישם את CellHint על נתונים עדכניים וחשף קשרים שלא נחקרו בצורה לא נכונה בין מצבי תאי ריאה בריאים וחולים בשמונה מחלות. זה גם זיהה סוגי תאים בהיפוקמפוס של אדם בוגר שיכולים לעניין פוטנציאל למחקר עתידי.

החוקרים גם יישמו CellHint על 12 רקמות מ-38 מערכי נתונים, וסיפקו מסד נתונים צולב רקמות עם כ-3.7 מיליון תאים. לכל תא הובא הערות, שהוא תהליך של תיוג תאים במידע מסוים. הם גם הראו כיצד הוא יכול ליצור מודלים שונים לביאור אוטומטי של תאים על פני רקמות אנושיות.

ד"ר צ'ואן שו, המחבר הראשון ממכון Wellcome Sanger, אמר: "CellHint בולט מכלים אחרים מכיוון שהוא עושה שימוש מלא במידע של הערות תאים לעתים קרובות לא עקבי אך בעל ערך רב ממחקרים בודדים, כדי להשיג שילוב נתונים מונע ביולוגי. אנו נרגשים. שעם CellHint, ניתן להוסיף הערות מחדש לתאים ממעבדות עצמאיות וחוקרים יכולים להשתמש במידע המתקבל כדי להכניס כל תא להקשרים שונים מעבר למחקר המקורי. אנו מקווים שכלי זה יקל מאוד על השימוש החוזר במידע ובמידע מולקולרי ותאי על פני מעבדות, שעלולות להניע תגליות חדשות בביולוגיה."

ד"ר שרה טייכמן, סופרת בכירה ממכון Wellcome Sanger ומייסדת שותפה של Human Cell Atlas, אמרה: "אטלס התא האנושי יוצר מפות התייחסות מפורטות של כל התאים בגוף האדם כדי לשנות את ההבנה שלנו בביולוגיה, בריאות ומחלות , וטכנולוגיות תא בודד עומדות בבסיס הפרויקט השאפתני העצום הזה. שיתוף פעולה גלובלי ושיתוף נתונים פתוח חיוניים להשגת המטרה של אטלס תא אנושי מייצג שיועיל לאנושות ברחבי העולם. CellHint מאפשר איחוד ושיתוף של נתונים תא בודד, המאפשר קהילת המחקר העולמית לתרום ולהפיק תועלת מהמחקר המתמשך שמתרחש ברחבי העולם, ולעזור להניע התקדמות בבריאות ובשירותי בריאות".



קישור לכתבת המקור – 2023-12-21 23:22:06

Facebook
Twitter
LinkedIn
Telegram
WhatsApp
Email
פרסומת
תכנון תשתיות רפואיות

עוד מתחומי האתר